早在1997年接任中興大學農試場場長後，發現管理農場的技士，因為噴農藥噴到肝壞掉，整個臉是黃色的。陳世雄教授因此規定農場不准再噴農藥，並且開始轉型有機種植。之後雖然轉任明道大學校長、南華大學科技學院院長，但他仍舊積極推動有機農業。並且在2007年創立了台灣有機產業促進協會，希望台灣能變成一個有機農業的國家。一直到2018年退休之後，他把自己這些年來對有機農業的理念與經驗投注在自家農田裡，營造一座零污染的有機農場。
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